Яфет Котто вырос в семье афроамериканцев. Родители исповедовали иудаизм. Его мать - Глэдис Мэри Котто была медсестрой, отец — Абрахам Котто был бизнесменом. В 1920-х годах отец вынужден был эмигрировать в Соединенные Штаты Америки из Камеруна. Дет Яфета - Александр Белл, тоже исповедовал иудаизм, в конце XIX века правил в Камеруне городом Дуала.
В двенадцать лет Котто играл в театре. Он дебютировал на сцене с ролью Отелло. В 1963 году начал сниматься в кино. В 1973 году исполнил роль главного злодея в восьмом фильме о Джеймсе Бонде — «Живи и дай умереть». В 1979 году снялся в фантастическом фильме «Чужой». Затем сыграл лейтенанта Эла Джиарделло, начальника отдела в телевизионном сериале «Убойный отдел». Персонаж имеет много общего самим актёром: он сын итальянца и афроамериканки.
Яфет Котто был женат три раза. В 1998 году состоялся его последний брак, который длиться по сей день. Сейчас он с супругой живет в Балтиморе. Яфет имеет пятерых детей. Старший сын Фредрик — полицейский в Сан-Хосе (Калифорния).